咖啡主要分为三大类——阿拉比卡种（Arabica）、罗布斯塔种（Robusta）、利比里亚种（Liberica），但在市场上流通的多是阿拉比卡和罗布斯塔两种。不论何种都有其优缺点，使用的目的与用途亦不尽相同。
咖啡属的植物约有40种，但能够生产出具有商品价值咖啡豆的仅有阿拉比卡种、罗布斯塔种、利比里亚种，这三种称为“咖啡三大原生种”。
1.阿拉比卡种（学名Coffea arabica）
阿拉比卡种的原产地是埃塞俄比亚的阿比西尼亚高原（即现在的埃塞俄比亚高原）。初期主要作为药物食用，13世纪培养出烘焙饮用的习惯，16世纪经由阿拉伯地区传入欧洲，进而成为全世界人们共同喜爱的饮料。所有的咖啡中，阿拉比卡种的咖啡占75%~80%，它的绝佳风味与香气，使它成为这些原生种中唯一能够直接饮用的咖啡。但其对于干燥、霜害、病虫害等的抵抗力过低，特别不耐咖啡的天敌——叶锈病。
阿拉比卡种咖啡豆主要产地为南美洲（阿根廷与巴西部分地区除外）、中美洲、非洲（肯尼亚、埃塞俄比亚等地，主要是东非诸国）、亚洲（包括也门、印度、巴布亚新几内亚的部分区域）。
2.罗布斯塔种（学名Coffea robusta Linden）
在非洲刚果发现的耐叶锈病品种，较阿拉比卡种有更强的抗病力。不适合阿拉比卡种咖啡生长的高温多湿地带就是罗布斯塔种咖啡生长的地方。罗布斯塔种具有独特的香味与苦味，仅仅占混合咖啡的2%~3%，整杯咖啡就成了罗布斯塔味。它的风味就是如此鲜明强烈，若想直接品尝它恐怕得考虑一下。它一般被用于速溶咖啡、灌装咖啡、液体咖啡等工业生产咖啡上。咖啡因的含量3.2%左右，远高于阿拉比卡种的1.5%。
主要生产国是印度尼西亚、越南以及科特迪瓦、阿尔及利亚、安哥拉为中心的西非诸国，近年来越南更致力于跻身主要咖啡生产国的行列。
3.利比里亚种（学名Coffea liberica）
西部非洲为利比里亚种咖啡的原产地，对于不论是高温或低温、潮湿或干燥等各种环境，皆有很强的适应能力，唯独不耐叶锈病，风味又较阿拉比卡种差，故仅在西非部分国家（利比亚、科特迪瓦等）国内交易买卖，或者栽种来供研究使用。
根据ICO（国际咖啡组织）的统计，扣除各咖啡生产国国内交易的部分，在世界市场流通的咖啡中约65%为阿拉比卡种，35%为罗布斯塔种。阿拉比卡种的特征是颗粒细长且扁平，罗布斯塔种的咖啡豆较浑圆，由形状即可轻易分辨出。
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