优质的烘豆虽然重要，但如何完善保存豆子更是一个关键的问题。咖啡也是一种食物，因此须好好保存以确认其状态安定、不会变质。虽然很多国家法律上规定咖啡豆的有效期限是1年，但事实上豆子的保存与咖啡豆内部气体流失的时期有关。大致上来说，由愈大台烘豆机所烘出的豆子，排放出气体的时间就愈长，保存时间也较长；而烘豆机愈小，烘出的豆子赏味期限也愈短。从烘焙容量30公斤以下的烘豆机所烘出的豆子，通常会认为要在1个月内使用完较好。若咖啡豆的脂肪成份氧化，产生像是食用油酸掉或烟灰般的味道时，就不要在食用了。
以未磨碎的状态来保存咖啡豆
咖啡从磨碎的那瞬间起，其所带有的香气粒子便会开始快速向空中逸散，因此在磨碎后，即使只经过较短的时间，也会有大量香气飘散出去。所以若将咖啡豆磨成粉后保存的话，会发现义式浓缩咖啡机旁边都会有一台磨豆机，这就是为了要尽量保存咖啡的香气，在一磨好咖啡粉后就马上进行萃取，让咖啡香尽可能地融入咖啡中。
保存在没有湿气的地方
烘豆完毕的豆子水分含量通常在1～2％之间，若天气潮湿时便会吸入水分，吸收的水分就会对咖啡产生影响。这种现象被称为“非意料中的提前萃取”，会使咖啡的香气快速变质，且产生不好的气味。
使用密封的容器或包装
虽然说烘好的咖啡豆因为含水量少，所以不会腐坏。但另一方面，因为咖啡是种子作物，所以含有相当高含量的脂肪质，若和氧气接触的话，就会开始发酸腐败。因此尽量使用能隔绝氧气的密闭式容器较好。在保存咖啡时，最重要的便是隔绝光线及外部的空气。基于这个原因，装咖啡的袋子几乎大部分都镀了铝，使袋子能阻隔空气及防止光线透入。
最好的保存方式便是使用镀锡罐头来保存咖啡。但去到大部分的咖啡专卖店会发现，很多店家都是使用透明的密封瓶来保存咖啡。这是基于陈列的考量，因为店家必须要将咖啡展示出来才卖得出去。而这类咖啡店的咖啡通常很快就被卖出去了，所以因保存失当而产生不好味道的可能性可以说极小。
保存在室温10～20度C较好
咖啡在室温中味道变质之前，快点消耗完比较好。不过，如果是在不得已的情况下保存大量咖啡，且在发酸之前用不完的话，把咖啡放进冰箱保存也是一个方法。
但一般的冰箱会同时存放有其他的食物，因此若将咖啡与食物们放在一起的话，咖啡可能会吸收这些气味，因此不太建议这么做。若非不得已一定存放在冷藏的话，使用能完全密封的容器会较好。
冷冻的话可以保存得更久些，但还是有许多必须要注意的地方。从冷冻库拿出来后，如果马上就开封的话，因为温差的关系，豆子表面会凝结湿气。因此从冷冻库中取出存放的豆子后，如果马上就打开来倒出想要的量，然后再次把豆子放回冷冻库，反覆进行几次这样的动作的话，就会让豆子产生烟灰气味般不好的味道。
从冷冻库拿出咖啡后，先不要开封，在室温中放置1～2个小时后，等豆子的温度回温到跟室温差不多时，再萃取咖啡。或事先将一次要喝的份量装在小夹链袋中保存也是一个方法。
